國家出于保護農業生產者的利益，出臺憑收購發票抵扣的政策，實際上農業生產者真正受益不多，反而出現大的稅收漏洞，應考慮從制度上解決這一問題，取消農產品收購發票抵扣稅款，一律使用普通發票作為收購免稅農產品扣稅憑證。

　　當前，農產品收購發票開具存在“三亂”。農產品收購發票的開具最明顯的特征是“三自模式”：自己開具、自己付款、自行計算申報抵扣。這“三自”特點直接導致收購發票管理“三亂”現象的產生。

　　一是農產品開具對象之“亂”。按規定只有從農業生產者個人購買的自產農產品，才允許開具收購發票。隨著市抄濟的發展，農村商販和農業經紀人的大量涌現，造成涉農加工企業難以辨別所購貨物是否為農業生產者自產。

　　二是農產品價格開具內容之“亂”。按規定收購發票可以按照收購價格與抵扣率直接計算增值稅抵扣。因此，有的企業在向小規模納稅人或個體經營者購買農產品時，在未取得或有意不取得普通發票的情況下，也自行填開農產品收購發票入賬，有的還將運費、包裝費等一并列入收購金額開具，從而達到多抵扣稅之目的。

　　三是農產品收購企業稅款征繳之“亂”。按規定收購發票每筆收購業務必須逐筆及時開具。有的企業將農產品收購發票當作調整各期稅額的“蓄水池”，以便調節各期應納稅額。

　　國際上對農業生產增值稅政策主要有兩種處理方法：一是將農業生產者與其他納稅人同等對待，納入統一的征稅抵扣機制，憑票扣稅、依率計征;二是對自產農產品實行免稅或零稅率，下一環節購進免稅農產品也存在允許抵扣和不允許抵扣兩種辦法。我國目前還處于傳統農業向現代農業的轉型期，一方面，以家庭為單位的生產組織形式尚不具備將農業生產者納入增值稅征扣稅機制的條件;另一方面，處于起步階段的農產品加工流通行業無法承受不抵扣進項稅款所產生的成本壓力。但從上述問題看，應從制度和管理層面破解這一難題，完善農產品收購發票增值稅管理。

　　完善農產品增值稅稅收政策

　　建議統一農產品進、銷項計算依據，堵塞稅收漏洞。改變現行的對農產品進項稅額以農產品收購發票注明的“買價”計提進項規定。以農產品收購發票或取得的普通發票的票面價款為含稅價款，在計算進項稅額時，先換算為不含稅價款，再按13%的扣除率計算進項抵扣稅款，從稅制上解決因進、銷項計稅依據、計算口徑不同而造成多抵少征、進大于銷，從而解決農產品收購加工企業長期零稅負申報或低稅負申報，使增值稅抵扣政策更為合理。

　　建議調整抵扣方法，改“購進扣稅法”為“實耗扣稅法”。 我國現行的增值稅制度實行的是“購進扣稅法”。多年的稅收征管實踐一再證明，這種計稅辦法對自開自抵進項稅額的農產品收購加工企業而言，稅務機關確實沒有更好的辦法解決稅款流失的問題�；�于此，可考慮用“實耗扣稅法”來解決這個問題。

　　建議統一農產品及深加工產品稅率。對以農產品為主要原料的生產企業，國家統一核定，適當降低稅率，以保護以農產品為原料企業的正常利潤。國家出臺農產品增值稅優惠政策的初衷是促進農業的發展，農產品產業的發展需要各個環節的緊密配合，而不僅僅是農產品的某個階段。但是，按照《財政部、國家稅務總局關于印發〈農產品征稅范圍注釋〉的通知》(財稅〔1995〕52號)文件中的農產品范圍分別確定初級農產品稅率為13%，對以農產品為原料生產的工業品則需按17%稅率征稅，這不僅與稅法的公平原則相背離，更不利于農產品深加工行業的發展，最終會影響農業產業的發展。可以考慮將初級農產品及深加工農產品增值稅稅率統一為13%，以體現增值稅稅收中性的本質，最大限度體現稅法公平和落實優惠政策，支持農業生產的發展，提高我國農產品精深加工行業的競爭力。

　　改進農產品增值稅管理

　　通過第三方支付農產品收購貨款。因“以票控稅”在農產品收購發票增值稅管理上存在漏洞，是否考慮“以資金控稅”來加強管理，即要求農產品收購企業在銀行、農村信用社等設立專戶，由第三方支付農產品收購貨款。隨著金融分支機構在廣大農村地區的普及，以及互聯網金融的發展，農產品收購交易的第三方支付成為可能。

　　運用信息技術，加大納稅評估力度。加大對農產品抵扣企業納稅評估力度，著重對農產品收購業務的票、款、是否一致，對象是否合法、資金流轉是否正常、收購數量與企業的生產能力是否匹配，賬面庫存與實物庫存是否一致等方面進行重點評估。

　　從增值稅原理分析，應取消農產品收購發票

　　從增值稅設計原理分析，上一環節征了稅下一環節方可憑購貨發票進行稅款抵扣。理論上講，農產品免稅，就不應該允許稅款抵扣。國家出于保護農業生產者的利益，出臺憑收購發票抵扣的政策，實際上農業生產者真正受益不多，反而出現大的稅收漏洞，應考慮從制度上解決這一問題，取消農產品收購發票抵扣稅款，一律使用普通發票作為收購免稅農產品扣稅憑證。這樣，一般納稅人在購進農產品時，自然要向出售者索取普通發票用于抵扣，從而促使中間商到稅務機關辦理稅務登記領取普通發票，有效地防止稅收流失。對少數農業生產者偶爾出售免稅農產品給一般納稅人的，可攜帶戶籍證明等到國稅機關免費代開普通發票�？梢哉f，稅務機關代開的普通發票和中間商開具的普通發票比一般納稅人自己開具的收購發票要真實可靠得多。