答：根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)<跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法>的公告》（國家稅務(wù)總局公告2012年第57號）的規(guī)定，自2013年1月1日起，匯總納稅企業(yè)應(yīng)當自年度終了之日起5個月內(nèi)，由總機構(gòu)匯總計算企業(yè)年度應(yīng)納所得稅額，扣除總機構(gòu)和各分支機構(gòu)已預(yù)繳的稅款，計算出應(yīng)繳應(yīng)退稅款，按照本辦法規(guī)定的稅款分攤方法計算總機構(gòu)和分支機構(gòu)的企業(yè)所得稅應(yīng)繳應(yīng)退稅款，分別由總機構(gòu)和分支機構(gòu)就地辦理稅款繳庫或退庫。匯總納稅企業(yè)在納稅年度內(nèi)預(yù)繳企業(yè)所得稅稅款少于全年應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款的，應(yīng)在匯算清繳期內(nèi)由總、分機構(gòu)分別結(jié)清應(yīng)繳的企業(yè)所得稅稅款；預(yù)繳稅款超過應(yīng)繳稅款的，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)及時按有關(guān)規(guī)定分別辦理退稅，或者經(jīng)總、分機構(gòu)同意后分別抵繳其下一年度應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款。因此，外省企業(yè)的南京分公司屬于二級分支機構(gòu)的，應(yīng)按規(guī)定辦理企業(yè)所得稅的匯算清繳。