報關企業在向海關發送報關單電子數據或向現場海關交單前，應該對申報的電子數據及隨附單證做必要的審核以提高報關質量，便于快速通關。其工作流程就是審核申報內容及其有關單證是否滿足海關規范申報的要求。
　　報關單審核的重點
　　報關企業在向海關發送報關單電子數據或向現場海關交單前，應該對申報的電子數據及隨附單證做必要的審核以提高報關質量，便于快速通關。其工作流程就是審核申報內容及其有關單證是否滿足海關規范申報的要求。
　　首先應根據海關對進出口貨物的管理要求及報關單填制規范對申報的報關單數據進行有重點的審核，審核數據的合理性與規范性，各數據項之間及審證提示信息與報關單數據項之間的邏輯對應關系。具體內容如下：
　　進出口口岸及口岸與運輸方式之間的邏輯關系。進出口口岸是否為貨物最先進口或貨物最終出口的口岸；進出口口岸與運輸方式是否對應。
　　收發貨企業、地區及其與貿易方式、商品名稱之間的邏輯關系。進口是否為貨物使用地的地區代碼；出口是否為貨源地地區代碼或名稱；收發貨地區與貿易方式及貨物屬性之間邏輯關系是否正常。
　　運輸工具和提（運）單號。審核運輸工具和提 /運單號是否均已輸入；運輸工具與口岸類別及運輸方式之間邏輯關系是否正常。
　　貿易方式。貿易方式與征免性質、經營企業、商品屬性及征免規定間邏輯關系是否正常。
　　許可證與其它監管證件。許可證與其它監管證件是否符合海關證件監管要求；證件與貿易方式及商品屬性間邏輯關系是否正常。
　　成交方式與運保雜費。進口組成 CIF價格所需的各數據項內容是否錄入齊全正確；出口形成FOB價格所需的各數據項內容是否錄入齊全正確;當運費、保險費及雜費標志為“１”（費率）時，所輸入的費率值有無過高或過低的情況。若有，是否屬于正常情況。如運費、雜費是否高于30%，保險費是否低于0.1%等；當運費、保險費及雜費標志為“3”（總價）時，費用幣制和金額是否合理;當運費標志為“2”（單價）時，所錄運費單價及幣制是否合理（保險費、雜費標志不含單價）；雜費正負值的輸入是否與海關計算進出口商品完稅價格的要求相一致；進口成交方式為FOB時如無保險費，應審核該報關單是否為轉關運輸貨物。
　　件數、包裝種類。件數與包裝種類是否相對應，包裝種類的輸入是否清楚合理，有無亂輸入的現象。
　　毛重與凈重及集裝箱個數之間的關系。審核毛重與凈重之間比例關系是否正常，二者是否以公斤為單位輸入的 ;同商品審核毛重與20英尺標準箱個數之間邏輯關系是否正常。
　　商品名稱、規格型號，與商品編號。商品名稱、規格型號的錄入是否明確規范，能否充分說明商品的屬性，能否滿足海關商品歸類、價格審定、原產地確認、證件審定及執行其它有關職能的需要 ;商品名稱與商品編號（含附加號）是否對應;跨年度時是否存在不同商品編碼問題。
　　原產地。審核原產地是否為進口貨物的實際原產國別地區 ;原產地與商品屬性之間的邏輯關系是否正常;原產地代碼填制是否與原產地證書一致。
　　成交數量、計量單位與法定數量。當輸入申報計量單位不同時，應注意審核三者之間關系是否合理，法定數量的輸入是否準確 ;
　　成交幣制、單價和總價。成交幣制、單價和總價是海關征稅業務中關鍵數據項，應根據輸入商品的屬性及申報計量單位進行重點審核。
　　征免規定。征免規定是報關單數據項中最為重要的數據項，征免規定輸入的正確與否，將直接影響稅收征、減、免結果的正確性，應加強對征免規定與其它數據項（如貿易方式、征免性質及商品編號等）之間的邏輯互控關系的審核。
　　背景資料
　　報關單審核的具體內容
　　證明進出口貨物的實際情況的資料，包括進出口貨物的品名、規格、用途、產地、貿易方式等 ;
　　有關進出口貨物的代理報關授權委托協議、合同、發票、載貨清單（艙單）、提（運）單、裝箱單等商業單據 ;
　　進出口所需的許可證件及隨附單證 ;
　　海關要求的加工貿易手冊（紙質或電子數據的）及其他進出口單證。
　　申報后如何糾正海關審核出現的問題
　　在海關電子審單環節，如發現被計算機退回，報關企業應當根據該份報關單海關電子審單信息提示的內容，再次審核有關單證以滿足申報要求。如系海關系統參數設置原因使申報被拒收的，應及時練習集中審單環節，向海關提出特殊申報申請，由海關通過人工接單方式以使該報關單申報行為被海關接受。
　　在人工審單環節，海關審單關員在對報關單進行電子數據審核后，如發現有關數據項申報錯誤的，將退回報關單，并在退回理由中提示報關企業哪些方面需要核實，并要求修改后重新申報 ;對構成走私違法嫌疑的轉交有關部門作進一步的處理。人工退單并非不接受申報，而是申報不符合海關要求，需要修改后再次申報。報關企業如對退單原因不清楚的，應及時聯系該份報關單的審單關員了解情況。如果長時間不與海關聯系，海關將提高該份報關單審單風險等級，并在必要情況下組織重點查驗。
　　在現場接單環節，因“單單”“單證”“單機”“單貨”一致性問題需要修改報關單電子數據內容時，如不構成走私違規嫌疑的，經報關企業的申請，由海關完成該份報關單電子數據的修改 ;或者因無法修改需要通過撤銷報關單重新申報的，報關企業應當按照海關要求進行修改后重新向海關發送該份報關單電子數據。《海關法》第二十六條規定“海關接受申報后，報關單證及其內容不得修改或者撤銷;確有正當理由的，經海關同意，方可修改或者撤銷”。因此，報關單電子數據撤消并非是撤消申報行為，而是修改電子申報單行為。