物流業務從流轉稅的角度講，主要涉及到增值稅和營業稅兩大稅種。在增值稅和營業稅的征稅范圍中，并沒有明確規定"物流"這一稅目，因此，在稅務管理實踐中，從事物流的企業應當根據自身的經營范圍和收入來源來確定如何繳納流轉稅。當然，如果物流企業兼營增值稅勞務或者提供交通運輸業和服務業以外的其他稅目的營業稅勞務，就超出了物流企業的經營范圍，因此不再是純粹的物流企業，如郵政物流業務包括一體化物流，貨代業務，專遞、快遞業務、區域配送業務，倉儲業務等等。對于郵政物流業務，除《營業稅稅目注釋》中明確規定屬于郵政通信業稅目征稅范圍的業務外，其他物流業務應當比照上述原則征收流轉稅。因此，對物流企業的進行納稅檢查，就應該根據有關企業的業務情況，確定檢查方法。
　　對物流業務征稅，要根據物流業務的具體功能并對照現行稅法規定來分析，納稅檢查也要圍繞相應的經濟事項進行。從稅收的角度講，物流業務包括以下幾個項目。
　　其一，交通運輸業務。物流企業提供搬運、裝卸、運輸勞務取得的收入，屬于營業稅"交通運輸業"稅目的征稅范圍，適用3%的稅率。
　　其二，服務業務。物流企業提供儲存、保管、信息勞務取得的收入屬于營業稅"服務業"稅目的征稅范圍，適用5%的稅率。
　　其三，增值稅業務。物流企業提供包裝、流通加工勞務取得的收入屬于增值稅的征稅范圍，其適用稅率要根據納稅人應繳納的增值稅所適用的增值稅率情況來確定。
　　其四，混合銷售業務。物流企業提供配送勞務取得的收入屬于混合銷售收入。因為物流企業一般是以提供營業稅勞務為主，所以對于物流企業的混合銷售行為（在提供營業稅勞務的同時提供包裝、加工等增值稅勞務的）應當征收營業稅，但是，根據財政部、國家稅務總局（94）財稅字第026號通知規定，從事運輸業務的單位和個人，發生銷售貨物并負責運輸所售貨物的混合銷售行為，征收增值稅。
　　其五，兼營業務。如果物流企業在提供交通運輸業勞務時，同時提供服務業勞務的，應當分別核算不同稅目的營業收入，并分別申報繳納交通運輸業營業稅和服務業營業稅。凡未按規定分別核算應稅收入的，一律從高適用稅率，按"服務業"稅目征收營業稅。如果物流企業兼營營業稅勞務和增值稅勞務，能夠分別核算營業稅收入和增值稅收入的，可分別申報繳納營業稅和增值稅；不能分別核算收入的，一律征收增值稅。
　　從目前企業的生產經營情況來看，物流業務涉及到所有納稅人。從稅務管理系統提供的信息反映，目前對物流業務的處理存在的問題較多。主要的有兩個方面：
　　其一，對運輸業務的稅收政策把握不準確，導致大量運輸中所含的增值稅不能抵扣。
　　其二，技術操作不當，導致企業運輸的稅收成本加大。
　　有鑒于此，我們有必要從有關物流企業的稅收政策的具體規定的分析開始，討論如何進行納稅檢查。另外，對于聯運業務，財政部、國家稅務總局《關于營業稅若干政策問題的通知》（財稅[2003]16號）規定，經地方稅務機關批準使用運輸企業發票，按"交通運輸業"稅目征收營業稅的單位將承擔的運輸業務分給其他運輸企業并由其統一收取價款的，以其取得的全部收入減去支付給其他運輸企業的運費后的余額為營業額。由于目前我國的物流企業的物流業務仍是以交通運輸業務為主，所以在這里我們以交通運輸業務的營業稅檢查作為討論的重點問題。