針對國際貨運代理在《財政部 國家稅務總局關于在全國開展交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點稅收政策的通知》（財稅〔2013〕37號）中遇到的“營改增”問題，《關于將鐵路運輸和郵政業納入營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2013〕106號，以下簡稱“106號文”）出臺了差額征稅和免稅的規定。106號文附件2《營業稅改征增值稅試點有關事項的規定》中規定：試點納稅人中的一般納稅人提供國際貨物運輸代理服務，以其取得的全部價款和價外費用，扣除支付給國際運輸企業的國際運輸費用后的余額為銷售額。而且，該條款還對國際貨運代理進行了嚴格的定義：國際貨物運輸代理服務，是指接受貨物收貨人或其代理人、發貨人或其代理人、運輸工具所有人、運輸工具承租人或運輸工具經營人的委托，以委托人的名義或者以自己的名義，在不直接提供貨物運輸服務的情況下，直接為委托人辦理貨物的國際運輸、從事國際運輸的運輸工具進出港口、聯系安排引航、靠泊、裝卸等貨物和船舶代理相關業務手續的業務活動。同時，附件3《營業稅改征增值稅試點過渡政策的規定》中又規定：試點納稅人提供的國際貨物運輸代理服務免稅，即：

1．試點納稅人提供國際貨物運輸代理服務，向委托方收取的全部國際貨物運輸代理服務收入，以及向國際運輸承運人支付的國際運輸費用，必須通過金融機構進行結算。

2．試點納稅人為大陸與香港、澳門、臺灣地區之間的貨物運輸提供的貨物運輸代理服務參照國際貨物運輸代理服務有關規定執行。

3. 委托方索取發票的，試點納稅人應當就國際貨物運輸代理服務收入向委托方全額開具增值稅普通發票。

4．本規定自 2013年8月1日起執行。2013年8月1日至本規定發布之日前，已開具增值稅專用發票的，應將專用發票追回后方可適用本規定。

其實，在分析106號文對國際貨運代理“營改增”稅收政策前，個人就認為，106號文將國際貨運代理免稅的政策放在附件3的過渡政策中是不合適的。因為，國際貨運代理在營業稅時代就沒有免稅政策，何來營改增后過渡呢。這個免稅政策應該放在附件4《應稅服務適用增值稅零稅率和免稅政策的規定》中。實際上，這里就體現為我們在“營改增”后對于與出口貨物相關的勞務都應該給予增值稅零稅率或免稅政策。

在執行106號文對于國際貨運代理增值稅的差額征稅或免稅政策時，我們要注意一個特殊的地方在于，106號文對于國際貨物運輸代理業務是有明確的定義的，這是一個重要的事項。也就是說，不是大家在日常生活中所稱的國際貨物運輸代理服務都可以享受差額征稅或免稅政策，只有符合106號文定義的“國際貨物運輸代理”才可以享受該文的政策。因此，我們首先要再來重新審視一下106號文對“國際貨物運輸代理”的定義：

國際貨物運輸代理服務，是指接受貨物收貨人或其代理人、發貨人或其代理人、運輸工具所有人、運輸工具承租人或運輸工具經營人的委托，以委托人的名義或者以自己的名義，在不直接提供貨物運輸服務的情況下，直接為委托人辦理貨物的國際運輸、從事國際運輸的運輸工具進出港口、聯系安排引航、靠泊、裝卸等貨物和船舶代理相關業務手續的業務活動。

這里，符合106號文從事國際貨物運輸代理服務的企業，必須是直接而非間接為委托人辦理貨物的國際運輸、從事國際運輸的運輸工具進出港口、聯系安排引航、靠泊、裝卸等貨物和船舶代理相關業務手續的業務。

從這里的定義就可以看出，106號文所定義的符合條件的國際貨物運輸代理服務只能是從事“一代”的企業，從而“二代”的企業是不能享受106號文差額征稅或免稅的政策的。因為對于從事“二代”的企業而言，他的確是接受的發貨方或收貨方的委托，但是其又是通過另一家國際貨運代理公司間接為委托人辦理貨物的國際運輸服務的，不符合106號文對國際貨物運輸代理服務的定義，也就無法享受差額征稅和免稅的政策。

第一種情況：

基于這個問題，我們首先可以看簡單的情況，就是客戶直接找“一代”的企業從事國際貨物運輸：

生產企業出口貨物委托某A國際貨代企業幫助運輸，2014年1月其承接國際貨代業務取得不含稅收入100萬元，其直接與香港船運公司簽訂合同，委托其將一批貨物從上海運到香港，運輸業務完成后通過金融機構支付80萬元海運費，同時支付海關等政府性基金5萬元，取得港口碼頭費的增值稅專用發票上注明的增值稅額為0.5萬元。

這種情況比較簡單。該企業從事“一代”，符合106號文的規定，同時也符合免稅的規定。因此，該企業應該享受享受免稅的待遇。

差額征稅：100-80-5=15 該部分增值稅銷售額享受免稅政策

由于享受免稅政策，取得的港口碼頭費的增值稅專用發票上注明的增值稅額0.5萬元應做進項稅轉出。

第二種情況：

如果這里是“二代”，比如B國際貨運代理企業承接了某項國際貨運代理業務，不含稅價格為110萬，其將該業務又進一步委托給A國際貨代企業幫助運輸，2014年1月其承接國際貨代業務取得不含稅收入100萬元，其直接與香港船運公司簽訂合同，委托其將一批貨物從上海運到香港，運輸業務完成后通過金融機構支付80萬元海運費，同時支付海關等政府性基金5萬元，取得港口碼頭費的增值稅專用發票上注明的增值稅額為0.5萬元。

在該業務模式下，B國際貨運代理公司由于不是直接為委托人辦理貨物的國際運輸，不符合106號文的“國際貨物運輸代理服務”的定義，因此，他既不能享受差額征稅政策，也不能享受免稅政策。最多只能按貨代企業享受“試點納稅人提供知識產權代理服務、貨物運輸代理服務和代理報關服務，以其取得的全部價款和價外費用，扣除向委托方收取并代為支付的政府性基金或者行政事業性收費后的余額為銷售額，且向委托方收取的政府性基金或者行政事業性收費，不得開具增值稅專用發票”的政策。

此時，A企業就出于兩難的境地了。如果A此時享受免稅政策，他只能給B公司開具普通發票，增值稅抵扣鏈條因為免稅斷裂了。此時，B公司需要按110萬向生產企業開具貨運代理發票，由于無法享受差額征稅政策，必須按110萬乘以6%的稅率繳納增值稅。同時，由于生產企業的運輸費用無法享受“免、抵、退”，這個增值稅B公司也無法向生產企業轉嫁。因此，這種情況下，A公司享受免稅政策，下一道代理企業就非常麻煩了

如果此時A不選擇享受免稅政策，宣布放棄免稅政策，轉而享受增值稅差額征稅政策,按照106號文應按如下方法處理：

差額征收：100-85-5=15萬 15萬作為應稅收入 應繳納增值稅=15*6%-0.5=0.4萬

現在核心的問題在于差額征稅如何開票了，這里稅務機關可能有兩種理解方式：

第一種理解方式：A公司雖然享受差額征稅政策，但仍按照95萬給B公司開具增值稅專用發票（其中5萬是政府性基金），5萬開具普通發票。

這種情況下，B公司對下游企業應按照105萬開具增值稅專用發票，5萬開具普通發票。由于其取得了A公司給其開具的95萬增值稅專用發票，其實際只要繳納0.6萬的增值稅（政府性基金可以從銷售額中扣除并開普票）。

第二種理解方式：A公司由于扣除了國際運費后差額征稅，國際運輸享受的是0%稅率。因此，A公司只能按照10萬向B企業開具增值稅專用發票，90萬（85萬運費和5萬海關基金）應開具普通發票。

這種情況下，B公司對下游公司仍應按照105萬開具增值稅專用發票，5萬開具普通發票，但此時，由于只取得對方開具的10萬增值稅專用發票，應繳納增值稅5.7萬元，增值稅稅負相比第一種情況增加了9倍以上。

這里，就是就全額開具增值稅專用發票還是差額開具增值稅專用發票呢？從106號文的規定來看，第6條沒有想第5條那樣，專門寫了一句規定“委托方收取的政府性基金或者行政事業性收費，不得開具增值稅專用發票”。因此，大家認為，既然沒有規定，也就是說A企業可以差額征稅，并全額開具增值稅專用發票。

從對下一道貨代企業合理性的角度來看，第一種理解方式應該是更加符合實際一點。同時，第二種理解中大家主要擔心的問題就是，國際貨物運輸由于實行的是零稅率，我如果讓A企業差額征稅了，又全額開具發票給A，會不會導致這部分增值稅的“空轉”的抵扣，導致國家稅款的流失。不過，這個問題在國際貨物代理中還好。因為，雖然B公司全額向出口企業開具了105萬的增值稅專用發票，但出口企業由于是按FOB價出口退稅，運費是不能享受退稅和抵扣的。因此，這里即使A就零稅率的運費全額開入增值稅專用發票，也沒有導致國家增值稅稅款流失。同時，只有這種方式，才保證了“二代”增值稅待遇也更加合理。

但是，這里還有一個可能比較棘手的問題就是，對于從事“一代”的企業而言，其不能既直接從客戶手中承接業務，又從“二代”手中承接業務。如果這樣，“一代”企業可能只能選擇完全放棄免稅待遇。因為同一個納稅人要么申請享受免稅待遇，要么放棄享受，且已經選擇36個月不得變更。因此，外國船東根據106號文可能需要在中國設立兩個船代公司，一個專門符合直接承接客戶業務，一個直接專門承接“二代”業務。此時，一個享受免稅，一個不享受免稅，以便更好應對106號文對國際貨代的“營改增”問題。