從一般性稅收原則出發，企業所有資產的交易都應當納稅，而特殊性稅務處理規定則可以通過稅款遞延來減輕企業重組時的所得稅負擔。
　　企業合并是企業重組的類型之一，但59號文所界定的合并與《企業會計準則第20號——企業合并》（以下簡稱企業合并準則）所界定的合并的含義并不完全相同。
　　59號文所界定的合并相當于企業合并準則所界定的吸收合并和新設合并，而企業合并準則所界定的控股合并相當于59號文所界定的股權收購，即企業合并準則所界定的合并對應著59號文所界定的合并和股權收購。
　　企業合并準則按照合并各方在合并前后是否屬于同一方或相同的多方最終控制，將企業合并劃分為同一控制下的企業合并和非同一控制下的企業合并，并規定分別采用權益結合法和購買法進行會計處理。本文擬結合企業合并準則、所得稅準則和59號文的相關規定，探討這兩類企業合并在分別適用特殊性稅務處理規定和一般性稅務處理規定時對遞延所得稅確認的影響。
　　同一控制下的合并
　　關于控股合并（股權收購），按照企業合并準則規定，通過同一控制下企業合并取得的長期股權投資，其初始投資成本為合并方在合并日應享有被合并方所有者權益賬面價值的份額。
　　在適用特殊性稅務處理規定的情況下，長期股權投資的計稅基礎為被收購股權的原有計稅基礎，即被合并方股東對被合并方的原始投資額，而不是合并方在合并日應享有被合并方所有者權益賬面價值的份額。
　　由于被合并方的所有者權益賬面價值通常并不等于其股東的原始投資額，因此長期股權投資的賬面價值與計稅基礎之間就會產生暫時性差異。而在適用一般性稅務處理規定的情況下，長期股權投資的計稅基礎以公允價值為基礎確定，為購買價款或者取得股權的公允價值和支付的相關稅費，長期股權投資的賬面價值與計稅基礎之間也會產生暫時性差異。
　　合并方對通過同一控制下企業合并取得的長期股權投資產生的暫時性差異是否需要確認遞延所得稅，應當根據合并方管理層持有該項長期股權投資的意圖來確定。
　　如果合并方管理層意圖長期持有該項投資，則長期股權投資產生的暫時性差異預計未來期間不會轉回，對未來期間不會產生所得稅影響，合并方無需確認相關的遞延所得稅。
　　如果合并方管理層意圖在未來轉讓或者處置該項投資，則長期股權投資產生的暫時性差異在轉讓或者處置該項投資時 將產生所得稅影響，合并方應當按照未來轉讓或者處置該項投資時所適用的所得稅稅率計算確認相關的遞延所得稅。
　　關于吸收合并，按照企業合并準則規定，合并方在同一控制下的吸收合并中取得的資產、負債，應當按照相關資產、負債在被合并方的原賬面價值入賬。
　　在適用特殊性稅務處理規定的情況下，合并方接受被合并方資產和負債的計稅基礎以被合并方的原有計稅基礎確定。
　　即使被合并方的資產、負債存在暫時性差異，其所得稅影響也應在被合并方的賬簿和財務報表中予以確認，合并方在同一控制下的吸收合并中取得的資產、負債都不會產生暫時性差異，因而也不存在遞延所得稅的確認問題。而在適用一般性稅務處理規定的情況下，合并方應按公允價值確定接受被合并方各項資產和負債的計稅基礎，合并方取得的資產、負債通常存在暫時性差異，因而需要確認遞延所得稅。
　　非同一控制下的合并
　　關于控股合并（股權收購），按照企業合并準則規定，通過非同一控制下企業合并取得的長期股權投資按照確定的企業合并成本作為其初始投資成本，企業合并成本包括購買方在購買日為進行企業合并而支付的現金或非現金資產、發行或承擔的債務、發行的權益性證券等的公允價值以及為進行企業合并而發生的各項直接相關費用、或有對價之和。
　　在適用特殊性稅務處理規定的情況下，長期股權投資的賬面價值與計稅基礎之間通常會產生暫時性差異。購買方對通過非同一控制下企業合并取得的長期股權投資產生的暫時性差異是否需要確認遞延所得稅，應當根據購買方管理層持有該項長期股權投資的意圖來確定。
　　而在適用一般性稅務處理規定的情況下，長期股權投資的賬面價值與計稅基礎通常不存在暫時性差異，因而不存在遞延所得稅的確認問題。
　　關于吸收合并，按照企業合并準則規定，購買方在非同一控制下的吸收合并中取得的符合確認條件的各項可辨認資產、負債，應當按其公允價值確認為本企業的資產和負債。
　　在適用特殊性稅務處理規定的情況下，購買方在非同一控制下的吸收合并中取得的符合確認條件的各項可辨認資產、負債的賬面價值與計稅基礎通常會產生暫時性差異，因而需要確認遞延所得稅。
　　而在適用一般性稅務處理規定的情況下，購買方在非同一控制下的吸收合并中取得的符合確認條件的各項可辨認資產、負債的賬面價值與計稅基礎通常不會形成暫時性差異，因而不存在遞延所得稅的確認問題。