《企業資產損失稅前扣除管理辦法》第二十一條規定，存貨報廢、毀損和變質損失，其賬面價值扣除殘值及保險賠償或責任賠償后的余額部分，依據下列相關證據認定損失：（一）單項或批量金額較小（占企業同類存貨10%以下、或減少當年應納稅所得、增加虧損10%以下、或10萬元以下。下同）的存貨，由企業內部有關技術部門出具技術鑒定證明。（二）單項或批量金額超過上述規定標準的較大存貨，應取得專業技術鑒定部門的鑒定報告或者具有法定資質中介機構出具的經濟鑒定證明。（三）涉及保險索賠的，應當有保險公司理賠情況說明。（四）企業內部關于存貨報廢、毀損、變質情況說明及審批文件。（五）殘值情況說明。（六）企業內部有關責任認定、責任賠償說明和內部核批文件。
　　根據上述規定，食品加工生產企業因食品超過保質期的報廢損失，不屬于企業可以自行計算扣除的資產損失，應按上述管理辦法中第二十一條規定向稅務機關申請稅前扣除。