隨著國家出臺的系列支持農業發展的優惠政策，特別是《農民專業合作社法》頒布實施后，各地農企增加了不少。眾多投資人投資農企多數看重的是節稅這一誘人之處。確實農企業可以享受許多稅收優惠，但是并不是只要投資了農企就可以享受到最大限度的稅收利益，在實際工作中應把握好三“要訣”。
　　一、合理確定內部單位性質
　　在新興的農企中單純依靠銷售農產品的不多，多數是將農產品深加工后再進行銷售。這種情況就造成農企內部出現多個不同單位。要想獲得最大稅收利益，農企應該將這些內部單位的性質定性為獨立核算的子廠或子公司。
　　【例】A公司是一家涉農企業，主要經營面粉。公司內部有農場和面粉加工廠兩家單位，農場主要從事小麥種植，面粉加工廠主要從事小麥加工。2007年A公司實現銷售面粉1000萬元（不含稅價格）。在農場與面粉廠均為A公司內部單位的情況下，A公司應繳納的稅款為：增值稅=1000×17%=170萬元（A公司的進項稅額在此忽略）。城建稅和教育費附加=170×（7%+3%）=17萬元。A公司所負擔的稅款為187萬元（其他稅種在此忽略不計）。
　　假如農場與面粉加工廠分別成立獨立核算的法人，A公司形成集團公司。農場以市場價格假設為450萬元，將全部小麥銷售給面粉廠。那么在此情況下農場是自產自銷未經過加工的小麥，符合農業生產者自產自銷農業產品的條件，可以享受免稅優惠，其應納稅款為0.面粉廠在購進農場小麥時可計提13%的進項稅額，面粉廠所應繳納的增值稅為：1000×17%－450×13%=111.5萬元。城建稅、教育費附加為：111.5×（7%+3%）=11.15。（其他稅種在此忽略不計）在此種情況下A公司所負擔的稅款為122.65萬元。與農場和面粉廠沒有獨立核算的情況相比，在農場與面粉廠分別獨立核算后A公司少繳納稅款64.65萬元。
　　二、理性選擇采購對象
　　農企在選擇采購農產品時，多數人認為向一般納稅人采購可以取得增值稅專用發票，能夠最大限度抵扣稅款。因此他們在選擇采購對象時都傾向于一般納稅人。其實自2002年1月1日起，增值稅一般納稅人購進農業生產者銷售的免稅農業產品的進項稅額扣除率由原來的10%提高到13%。因此農企在選擇采購對象時，直接選擇向農產品生產者收購，比向一般納稅人收購得到的稅收利益還要大。
　　【例】B公司準備收購一批玉米，價值10000元。B公司直接向農產品生產者收購，則B公司憑收購憑證得到1300（10000×13%=1300）元的增值稅進項稅額。若B公司向一般納稅人收購，那么B公司憑所取得的增值稅專用發票得到1150.44[10000÷（1+13%）×13%=1150.44]元的增值稅進項稅額。（10000元為含稅價格）。
　　通過對比，就會發現同樣是花費10000元，在直接向農產品生產者收購時可多抵扣將近150元的增值稅進項稅額。
　　三、力爭成為一般納稅人
　　農企特別是一些剛剛創立的農企，為了節省人員工資等相關管理費用，往往不去申請一般納稅人資格。從表面看小規模納稅人比一般納稅人確實能夠節省很多費用支出，但在稅負方面小規模納稅人要比一般納稅人高出很多。
　　【例】C公司是一家糧油加工企業，2007年C公司實現銷售收入100萬元。假設C公司全年實現的增值額為10萬元。那么在小規模納稅人情況下，C公司全年需要負擔6.6萬元的稅款。（100×6%+100×6%×（7%+3%）=6.6，只包括增值稅、城建稅和教育費附加，其他稅種在此忽略）。然而假如C公司申請辦理了一般納稅人資格，那么C公司全年只需負擔1.87萬元的稅款。（10×17%+10×17%×（7%+3%）=1.87，只包括增值稅、城建稅和教育費附加，其他稅種在此忽略）（注：新增值稅條例已經規定50萬以上須辦理一般納稅人資格，否則不得抵扣，且全額征稅。）
　　在一般納稅人條件下C公司要少繳納4.73（6.6－1.87=4.73）萬元的稅款。