按照稅法規(guī)定，企業(yè)代收的款項要分別按照規(guī)定繳納增值稅、消費(fèi)稅或營業(yè)稅，支付的與取得收入無關(guān)的費(fèi)用不準(zhǔn)許在企業(yè)所得稅前扣除，但企業(yè)代收和繳納的財政性資費(fèi)則另有規(guī)定。目前企業(yè)有以下三方面的代收基金和費(fèi)用，其相應(yīng)的稅務(wù)處理各不相同。

　　企業(yè)代收的政府性基金和行政事業(yè)性收費(fèi)的稅務(wù)處理

　　第一，在《增值稅暫行條例實施細(xì)則》第十二條、《消費(fèi)稅暫行條例實施細(xì)則》第十四條以及《營業(yè)稅暫行條例實施細(xì)則》第十三條中都明確規(guī)定，納稅人同時符合以下條件代為收取的政府性基金或者行政事業(yè)性收費(fèi)不屬于價外費(fèi)用，不記入銷售（營業(yè)）收入總額中計征增值稅、消費(fèi)稅或營業(yè)稅。它們是：由國務(wù)院或者財政部批準(zhǔn)設(shè)立的政府性基金，由國務(wù)院或者省級人民政府及其財政、價格主管部門批準(zhǔn)設(shè)立的行政事業(yè)性收費(fèi)；收取時開具省級以上財政部門印制的財政票據(jù)；所收款項全額上繳財政。同時，《企業(yè)所得稅法》第七條和《企業(yè)所得稅法實施條例》第二十六條規(guī)定，企業(yè)依照法律法規(guī)等有關(guān)規(guī)定，按照國務(wù)院規(guī)定程序批準(zhǔn)，在實施社會公共管理，以及在向公民、法人或者其他組織提供特定公共服務(wù)過程中，向特定對象收取并納入財政管理的行政事業(yè)性收費(fèi)以及依照法律、行政法規(guī)等有關(guān)規(guī)定，代政府收取的具有專項用途的政府性基金，不征收企業(yè)所得稅。如自來水公司代收的水污染處理費(fèi)、水泥廠代收的散裝水泥基金等等。

　　也就是說，如果企業(yè)在收取銷售（營業(yè)）款時，代為收取的政府性基金或者行政事業(yè)性收費(fèi)不是上述規(guī)定的，就應(yīng)該并入銷售（營業(yè)）額征收增值稅、消費(fèi)稅或者營業(yè)稅。如在鐵路運(yùn)費(fèi)發(fā)票上注明的基金（1）、基金（2）等。

　　《企業(yè)所得稅法》第七條和《企業(yè)所得稅法實施條例》第二十六條規(guī)定，企業(yè)依照法律法規(guī)等有關(guān)規(guī)定，按照國務(wù)院規(guī)定程序批準(zhǔn)，在實施社會公共管理，以及在向公民、法人或者其他組織提供特定公共服務(wù)過程中，向特定對象收取并納入財政管理的行政事業(yè)性收費(fèi)以及依照法律、行政法規(guī)等有關(guān)規(guī)定，代政府收取的具有專項用途的政府性基金不征收企業(yè)所得稅。

　　第二，根據(jù)《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于財政性資金行政事業(yè)性收費(fèi)政府性基金有關(guān)企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財稅〔2008〕151號）規(guī)定，企業(yè)依照法律、法規(guī)及國務(wù)院有關(guān)規(guī)定收取并上繳財政的政府性基金和行政事業(yè)性收費(fèi)，準(zhǔn)予作為不征稅收入計入收入總額，于上繳財政的當(dāng)年在計算應(yīng)納稅所得額時從收入總額中減除；未上繳財政的部分，不得從收入總額中減除。因此，企業(yè)要及時將代收的各種政府性基金和行政事業(yè)性收費(fèi)上繳財政部門，以減少核算中的麻煩和多繳納企業(yè)所得稅的風(fēng)險。如代收的城市垃圾處理費(fèi)、市政公用設(shè)施有償使用費(fèi)、河套治理費(fèi)等。

　　繳納的政府性基金和行政事業(yè)性收費(fèi)的稅務(wù)處理

　　根據(jù)財稅〔2008〕151號文件規(guī)定，企業(yè)按照規(guī)定繳納的、由國務(wù)院或財政部批準(zhǔn)設(shè)立的政府性基金以及由國務(wù)院和省、自治區(qū)、直轄市人民政府及其財政、價格主管部門批準(zhǔn)設(shè)立的行政事業(yè)性收費(fèi)，準(zhǔn)予在計算應(yīng)納稅所得額時扣除。除此之外，企業(yè)繳納的其他不符合上述審批管理權(quán)限設(shè)立的基金、收費(fèi)，不得在計算應(yīng)納稅所得額時扣除。

　　收到的財政性補(bǔ)貼資金的稅務(wù)處理

　　第一，根據(jù)《企業(yè)所得稅法》第七條和《企業(yè)所得稅法實施條例》第二十六條規(guī)定，企業(yè)取得各級人民政府對納入預(yù)算管理的事業(yè)單位、社會團(tuán)體等組織撥付的財政資金，以及取得由國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門規(guī)定專項用途并經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)的財政性資金為不征收企業(yè)所得稅的收入。如貸款貼息、先征后退的增值稅退稅款等。但國務(wù)院和國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門另有規(guī)定的除外。

　　第二，根據(jù)財稅〔2008〕151號規(guī)定，企業(yè)取得符合以下條件的財政性資金準(zhǔn)予作為不征稅收入，在計算應(yīng)納稅所得額時從收入總額中減除：
    1.企業(yè)取得的由國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門規(guī)定專項用途并經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)的財政性資金。
    2.納入預(yù)算管理的事業(yè)單位、社會團(tuán)體等組織按照核定的預(yù)算和經(jīng)費(fèi)報領(lǐng)關(guān)系收到的由財政部門或上級單位撥入的財政補(bǔ)助收入。但國務(wù)院和國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門另有規(guī)定的除外。

　　總之納稅人需要注意以下三點(diǎn)：
    1.企業(yè)取得的財政性資金，是指企業(yè)取得的來源于政府及其有關(guān)部門的財政補(bǔ)助、補(bǔ)貼、貸款貼息，以及其他各類財政專項資金，包括直接減免的增值稅和即征即退、先征后退、先征后返的各種稅收，但不包括企業(yè)按規(guī)定取得的出口退稅款。

　　2.企業(yè)取得的不征稅收入用于支出所形成的費(fèi)用，不得在計算應(yīng)納稅所得額時扣除；企業(yè)的不征稅收入用于支出所形成的資產(chǎn)，其計算的折舊、攤銷不得在計算應(yīng)納稅所得額時扣除。

　　3.企業(yè)取得的各類財政性資金，均應(yīng)先計入企業(yè)當(dāng)年收入總額，然后按照企業(yè)所得稅的計算程序，依照上述規(guī)定在計算應(yīng)納稅所得額時從收入總額中減除。但國家以投資者身份投入企業(yè)、并按有關(guān)規(guī)定相應(yīng)增加企業(yè)實收資本（股本）的直接投資以及投入的資金在使用后要求歸還本金的除外。