海關(guān)將改革加工貿(mào)易傳統(tǒng)的監(jiān)管模式，簡化現(xiàn)行手續(xù)。實現(xiàn)加工區(qū)貨物在主管海關(guān)“一次報關(guān)，一次審單，一次查驗”的通關(guān)要求。其管理模式與傳統(tǒng)的監(jiān)管模式相比具有較大的優(yōu)越性，主要有以下幾個特征：1.管理手段上強(qiáng)化現(xiàn)代通信技術(shù)和計算機(jī)網(wǎng)絡(luò)技術(shù)的應(yīng)用，使用電子數(shù)據(jù)傳輸銜接海關(guān)之間監(jiān)管，逐步取代傳統(tǒng)的監(jiān)管；2.區(qū)域管理上強(qiáng)化對區(qū)域的整體管理，簡化對逐個企業(yè)的管理；3.加工貿(mào)易業(yè)務(wù)管理上強(qiáng)化對企業(yè)開展的加工貿(mào)易業(yè)務(wù)的整體管理，簡化對逐個合同的管理；4.貨物通關(guān)管理上強(qiáng)化對進(jìn)、出區(qū)貨物在進(jìn)出加工區(qū)卡口時的實際監(jiān)管，簡化辦理通關(guān)的手續(xù)，逐步滿足現(xiàn)代跨國型企業(yè)零庫存生產(chǎn)的需要。在具體做法上：

（1）海關(guān)對加工區(qū)采取全封閉、卡口式24小時監(jiān)管制度。卡口分別設(shè)立貨物和人員進(jìn)/出通道。

（2）海關(guān)對加工區(qū)企業(yè)采用計算機(jī)管理的模式。海關(guān)與區(qū)內(nèi)企業(yè)實行計算機(jī)聯(lián)網(wǎng)，進(jìn)行電子數(shù)據(jù)的傳輸和辦理通關(guān)手續(xù)；加工區(qū)海關(guān)與口岸海關(guān)實行計算機(jī)聯(lián)網(wǎng)。

（3）對區(qū)內(nèi)企業(yè)開展加工貿(mào)易業(yè)務(wù)不實行加工貿(mào)易銀行保證金臺帳制度，取消《登記手冊》，海關(guān)改用電子帳簿管理，實行半年一次的總量扣減核銷制度。

（4）對區(qū)內(nèi)與境外之間進(jìn)、出的貨物，實行“備案制”管理，貨物進(jìn)（出）口時，由企業(yè)填寫《中華人民共和國海關(guān)進(jìn)口（出口）貨物報關(guān)單》作貨物進(jìn)（出）口申報。

（5）加工區(qū)與口岸、加工區(qū)與加工區(qū)之間進(jìn)/出的貨物、物品，采取直通式或轉(zhuǎn)關(guān)運輸?shù)谋O(jiān)管模式，一律在加工區(qū)主管海關(guān)報關(guān)并在卡口查驗、放行。