加工區(qū)入境貨物的減免稅政策基本是參照保稅區(qū)現(xiàn)有政策制定，沒有新的優(yōu)惠。但有以下幾個(gè)方面的區(qū)別：

1.在功能上，加工區(qū)的功能單一，僅限于產(chǎn)品外銷的加工貿(mào)易，但區(qū)內(nèi)或設(shè)立少量為加工企業(yè)生產(chǎn)提供服務(wù)的倉儲(chǔ)企業(yè)以及經(jīng)海關(guān)核準(zhǔn)專門從事加工區(qū)內(nèi)貨物進(jìn)出的運(yùn)輸企業(yè)。

2.國內(nèi)原材料、物料等進(jìn)入加工區(qū)視同出口，海關(guān)按照以出口貨物的有關(guān)規(guī)定辦理報(bào)關(guān)手續(xù)，并簽發(fā)出口退稅報(bào)關(guān)單。區(qū)外企業(yè)憑報(bào)關(guān)單出口退稅聯(lián)及有關(guān)憑證向稅務(wù)部門辦理出口退（免）稅手續(xù)。

3.對(duì)加工區(qū)運(yùn)往區(qū)外的貨物，海關(guān)按照對(duì)進(jìn)口貨物的有關(guān)規(guī)定辦理報(bào)關(guān)手續(xù)，并按制成品征稅。

4.國家對(duì)區(qū)內(nèi)加工出口的產(chǎn)品和應(yīng)稅勞務(wù)免征增值稅、消費(fèi)稅。