由于“特殊性稅務處理”與“一般性稅務處理”的計稅基礎不同，“特殊性稅務處理”反而會在一些情況下造成重復納稅，應引起重組雙方足夠的重視。
　　案例“說話”
　　例如，甲公司持有A公司100%股權，該項投資的計稅基礎是1000萬元，公允價值1億元。2010年6月，甲公司與乙公司達成股權收購協議，乙公司收購A公司80%的股權，同時增發4000萬股股份支付給甲公司，價值8000萬元。以上交易符合59號文件規定的其他“特殊性稅務處理”條件。2011年9月，甲公司將乙公司4000萬股份轉讓給丙公司，轉讓價格9800萬元。2011年10月，乙公司將A公司80%的股權轉讓給丁公司，轉讓價格8800萬元。
　　如果在2010年度的股權收購環節，甲、乙雙方選擇采用“特殊性稅務處理”，其應分別繳納的稅款計算如下：
　　在2010年度的股權收購環節，甲公司暫不確認股權轉讓所得，乙公司取得的A公司80%股權的計稅基礎是800萬元（1000×80%），甲公司取得的乙公司4000萬股份的計稅基礎，是轉讓的A公司80%股權的計稅基礎，即800萬元。2011年度，因股權轉讓，甲公司應繳納企業所得稅[（9800-800）×25%]=2250萬元，乙公司應繳納企業所得稅[（8800-800）×25%]=2000萬元，甲、乙公司共繳納稅款4250萬元。
　　但是，如果2010年雙方不選擇“特殊性稅務處理”，而是采用“一般性稅務處理”，上述交易中，甲、乙雙方應繳納的稅款金額則按如下過程計算：
　　2010年度的股權收購環節，甲公司應繳納企業所得稅[（8000-800）×25%]=1800萬元.甲公司取得乙公司的4000萬股份的計稅基礎是8000萬元，乙公司取得A公司80%股權的計稅基礎是8000萬元。2011年度，甲、乙公司因股權轉讓，甲公司應繳納企業所得稅[（9800-8000）×25%]=450萬元；乙公司應繳納企業所得稅[（8800-8000）×25%]=200萬元，甲、乙公司共繳納稅款650萬元。
　　從整個交易看，甲公司在兩種方式下稅負相同，選擇“特殊性稅務處理”時需繳納企業所得稅為2250萬元，選擇“一般性稅務處理”時先后分兩次納稅，總計也是2250萬元（1800+450），但選擇“特殊性稅務處理”比選用“一般性稅務處理”可遞延納稅；乙公司選用“特殊性稅務處理”比選用“一般性稅務處理”多納稅1800萬元。之所以出現這種情況，是因為在“特殊性稅務處理”方式下，股權收購方獲取的股權，其計稅基礎是股權轉讓方的原計稅基礎，其公允價值與計稅基礎的差額，在股權重組雙方再次轉讓股權時需分別納稅；而如果選用“一般性稅務處理”，在股權轉讓方按被轉讓股權的公允價值納稅后，因計稅基礎的連續性，股權收購方取得股權的計稅基礎是公允價值�；�于此，在資產收購、企業合并、企業分立的重組交易中，如果重組各方選擇“特殊性稅務處理”方式，也會出現上述重復納稅的稅務處理結果。
　　審慎處理
　　在原企業所得稅法體系下，《國家稅務總局關于企業股權投資業務若干所得稅問題的通知》（國稅發[2000]第118號）第四條第（二）款規定，如果企業整體資產轉讓交易的接受企業支付的交換額中，除接受企業股權以外的現金、有價證券、其他資產不高于所支付的股權的票面價值（或股本的賬面價值）20%的，經稅務機關審核確認，轉讓企業可暫不計算確認資產轉讓所得或損失。轉讓企業取得接受企業的股權的成本，應以其原持有的資產的賬面凈值為基礎確定，不得以經評估確認的價值為基礎確定。接受企業接受轉讓企業的資產的成本，須以其在轉讓企業原賬面凈值為基礎結轉確定，不得按經評估確認的價值調整。該文件的規定與59號文件的宗旨是一致的，也會造成整體資產轉讓的重組雙方重復納稅。
　　但是，《國家稅務總局關于執行〈企業會計制度〉需要明確的有關所得稅問題的通知》（國稅發[2003]45號）改變了整體資產轉讓重組雙方重復納稅的稅務處理方式，其第六條第二款規定，符合118號文件第四條第（二）款規定，轉讓企業暫不確認資產轉讓所得或損失的整體資產轉讓改組，接受企業取得的轉讓企業的資產的成本，可以按評估確認價值確定，不需要進行納稅調整。該文件結束了整體資產轉讓重組雙方重復納稅的稅務處理方式。但對于整體資產置換、合并、分立沒有此類規定。
　　59號文件出臺后，一些企業為減少當期稅金支出，使并購重組能順利進行，也會選擇“特殊性稅務處理”，還有些企業重組后會長期持有收購股權，這也使“特殊性稅務處理”造成的稅負攤薄。不同的企業，在具體處理時的選擇因此會有所差別。
　　總體來講，59號文件的“特殊性稅務處理”，對降低企業重組時稅務負擔，促進合理的產業整合起到積極作用，但也存在使重組雙方重復納稅的可能。因此，進行企業重組的各方應結合重組目的、未來對重組資產的經營及持有方式、遞延納稅的時間價值、重復納稅等因素的綜合影響，審慎選擇企業重組的稅務處理方式。