增值稅一般納稅人兼營免稅項目或者非增值稅應稅勞務而無法劃分不得抵扣的進項稅額的，稅法規定是按銷售比例法分攤的。按理說，進項稅額是已銷貨物（應稅貨物和免稅貨物）及存貨的進項稅額，存貨也應分攤，由于存貨沒有參與分攤進項稅，有時轉出的進項稅額比放棄免稅后計提的銷項稅額還大，出現了免稅還增加稅負的現象。因此，一些納稅人選擇放棄增值稅免稅。
　　不過，納稅人選擇免稅或放棄免稅都要綜合考慮。如果選擇免稅，銷售免稅貨物就不能開具增值稅專用發票，不能開具增值稅專用發票將會影響企業的經營業績；如放棄免稅，36個月內不得改變。因此，如何選擇免稅或放棄免稅并使企業的利益最大化，是企業高管及會計人員面臨的一個問題。下面用幾個案例說明如何選擇免稅或放棄免稅使企業的利益最大化。
　　3年內進項稅額過大時，可以選擇放棄免稅
　　某小型航空運輸公司是“營改增”一般納稅人，公司計劃在未來的3年內加大航空器材的投入，加大貨物運輸業務，每年增加的進項稅額比較大。由于公司新增的是貨物運輸業務，貨物運輸業務處于開拓期，貨物運輸收入不會很大。2013年，該公司計劃購買航空器材花費金額1億元，取得增值稅進項稅1700萬元，消耗航空油料及后勤的進項稅額為300萬元，取得航空貨物運輸收入1000萬元（不含稅），飛機播灑農藥服務收入555萬元（含稅）。如果該公司選擇免稅，飛機播灑農藥服務應分攤的進項稅=2000×555÷（1000+555）=713.83萬元，這樣就應轉出進項稅額為713.83元；如果選擇放棄免稅，即正常納稅的話，只需計提銷項稅額55萬元（555÷1.11×11%），兩者相差658.83萬元。由于公司未來3年還要進行硬件投入，進項稅額比較大，而貨物運輸收入不會增加許多，3年內放棄免稅就比較合理。3年后，公司的貨物運輸業務增加比較大，加上前3年選擇放棄免稅政策沒有分攤企業的進項稅額（包括留抵稅額），這時選擇免稅就比較好。因為貨物運輸的比例大，而免稅貨物分攤的進項稅小，抵扣的進項稅額就多，選擇免稅而分攤的進項稅也不會超過放棄免稅后計提的銷項稅額。
　　“高抵低征”行業納稅人，最好選擇放棄免稅
　　稅法規定，購進農產品如是收購發票或者取得銷售發票按買價和13%的扣除率計算進項稅額，而銷售農產品包括加工后仍為農業產品的則按含稅銷售額進行價稅分離，如收購100元的農產品，計提進項稅額13元，銷售農產品的增值率要達到14.9%才能進項稅額與銷項稅額平衡，增值稅形成了“高抵低征”現象。如農產品經初級加工仍為農業產品，加工消耗的機器、水、電和配件等進項稅額需要扣除，則需要更大的增值率才能使進項稅額與銷項稅額平衡。目前，農產品加工企業的增值率普遍比較低，一般都會有留抵稅，有的企業留抵稅額還非常大，因此選擇放棄免稅會比較好。
　　比如，某大米加工廠2012年收購稻谷100萬公斤，收購單價2.6元/公斤，支付收購金額260萬元，計提進項稅額33.8萬元，生產大米52萬公斤、細米14萬公斤、細糠10萬公斤、粗殼22萬公斤，加工消耗電力3.64萬元，進項稅額0.6188萬元，大米銷售價為5元/公斤、細米及細糠的銷售單價均為4.5元/公斤，粗殼的銷售單價為2元/公斤。
　　根據《財政部、國家稅務總局關于飼料產品免征增值稅問題的通知》（財稅〔2001〕121號）的規定，糠麩屬單一大宗飼料為免稅產品，大米加工廠可以選擇免稅。如果該大米加工廠放棄免稅，細糠一項應計提的銷項稅額為14.04萬元；如果選擇免稅，根據《增值稅暫行條例實施細則》第二十六條的規定，一般納稅人兼營免稅項目或者非增值稅應稅勞務而無法劃分不得抵扣的進項稅額的，按下列公式計算不得抵扣的進項稅額：不得抵扣的進項稅額＝當月無法劃分的全部進項稅額×當月免稅項目銷售額、非增值稅應稅勞務營業額合計÷當月全部銷售額、營業額合計，細糠應轉出的進項稅額=45÷（45+260+63+44）×（33.8+0.6188）=12.63萬，兩者相差1.41萬元。
　　該加工廠選擇放棄免稅，有助于自身在銷售中處于有利地位。因為如果選擇免稅，細糠的購買方（油脂企業）就不能索取到增值稅專用發票，購買方往往以此為由壓低細糠的購買價格，使大米加工廠的利益受損。大米加工廠如果主動放棄免稅，就可以正常開具增值稅專用發票，也就能避免購買方（油脂企業）找借口壓低細糠價格。
　　再有，這類企業放棄免稅并不會導致其多繳稅，因為這類企業的留抵稅額本身比較大，放棄免稅后計提的銷項稅額只是沖減了一部分留抵稅，并不會改變留抵稅格局。