三、應納稅額的計算

　　(一)計算應納稅額的時間限定

　　增值稅一般納稅人申請抵扣的防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，必須自該專用發票開具之日起90日內到稅務機關認證，否則不予抵扣進項稅額。

　　超過90天未認證的發票不可以做作廢處理，不可以退回重新開具。

　　增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。納稅人取得2009年12月31日以前開具的增值稅扣稅憑證，仍按原規定執行。

　　實行海關進口增值稅專用繳款書(以下簡稱海關繳款書)“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的海關繳款書，應在開具之日起180日內向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》(包括紙質資料和電子數據)申請稽核比對。

　　未實行海關繳款書“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的海關繳款書，應在開具之日起180日后的第一個納稅申報期結束以前，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。納稅人取得2009年12月31日以前開具的增值稅扣稅憑證，仍按原規定執行。

　　(二)計算應納稅額時進項稅額不足抵扣的處理

　　根據稅法規定，當期進項稅額不足抵扣的部分可以結轉下期繼續抵扣。

　　(三)銷貨退回或折讓涉及到銷項稅額和進項稅額的稅務處理

　　對于納稅人進貨退出或折讓而不扣減當期進項稅額，造成不納稅或少納稅的，都將被認定為是偷稅行為，并按偷稅予以處罰。

　　(四)向供貨方取得返還收入的稅務處理

　　自2004年7月1日起，對商業企業向供貨方收取的與商品銷售量、銷售額掛鉤(如以一定比例、金額、數量計算)的各種返還收入，均應按照平銷返利行為的有關規定沖減當期增值稅進項稅金。應沖減進項稅金的計算公式調整為：

　　當期應沖減進項稅金=當期取得的返還資金÷(1+所購貨物適用增值稅稅率)×所購貨物適用增值稅稅率

　　商業企業向供貨方收取的各種返還收入，一律不得開具增值稅專用發票。

　　(五)一般納稅人注銷時進項稅額的處理

　　一般納稅人注銷或取消輔導期一般納稅人資格，轉為小規模納稅人時，其存貨不作進項稅額轉出處理，其留抵稅額也不予以退稅。